隨著海水養殖技術水平的提高和市場需求的擴大，近10年來我國海水工廠化養殖得到了迅速發展，養殖廢水中所含的剩余餌料、化學品殘留物、以及富含氮、磷、有機質和毒性物質的養殖生物排泄物會加劇養殖鄰近海域海水富營養化程度和水質污染，引發有害赤潮等海洋生態環境問題，同時水體污染反過來制約水產養殖的發展。因此，水產養殖廢水的處理和循環利用逐漸受到關注。近年來國內外學者針對海水工廠化養殖廢水的特點，對其進行了物理化學和生物處理，使養殖廢水中化學耗氧量(COD)、懸浮物(SS)和氨氮(NH3-N)等物質濃度降低，然后進行循環利用。
1、生物處理技術
養殖廢水生物處理是一種典型的穩定有機污染物的方式，包括活性污泥法和生物膜法。主要是利用微生物的吸收、代謝等作用，達到降解水體中有機物和營養鹽的目的，是目前處理溶解態污染物最經濟有效的方式。養殖過程中投放的餌料和養殖生物排泄物主要是由碳、氮、磷等元素組成的碳水化合物、蛋白質、脂肪等，生化降解性較好。因此，可采用生物處理技術有效處理工廠化養殖廢水，其中生物菌種的效能及其固定生長方式是決定處理效果的兩個重要方面。
1.1 活性污泥法
活性污泥法處理系統是污水生物處理技術的主要技術之一，它是由好樣微生物及其吸附黏附的有機物質和無機物質所組成，具有吸附和分解水中有機污染物的能力，顯示其生物化學氧化活性。在傳統的活性污泥法上發展成氧化溝間歇式活性污泥法(SBR)和AB法處理工藝等。
1.2生物膜法
生物膜法主要有生物濾池、生物轉盤（筒）、生物接觸氧化設備和生物流化床等，這些技術因為其微生物的多樣化，在水產養殖廢水的封閉循環使用中得到。篩選高效并能在海水環境中快速繁衍、生長的生物菌群是有效處理工廠化養殖廢水的關鍵。由于固定化微生物密度高、活性強、反應速度快，與常規的微生物掛膜生物處理技術相比，對氨氮和某些難生物降解有機物具有顯著去除作用，因此該技術有望成為海水工廠化養殖廢水處理的重要生化處理技術。
1.2.1生物濾池
在集約化養魚裝置中配用的生物濾池有平流式、升流式和降流式。生物濾池的運行最關鍵的部分在于掛膜，濾料表面不能形成生物膜，那么就無從談起濾池對污水的處理。掛膜，從微生物學的角度來講，就是菌體接種，既使微生物吸附在濾料表面上。生物濾池中填料是生物的載體，填料主要有碎石、卵石、焦炭、煤渣、塑料蜂窩和各種人工合成產品等；生物濾池能連續使用，不需要更換濾料。生物濾池設計中填料的選擇也很重要，填料的結構和表面積要有利于生物膜的生長和有機懸浮顆粒的捕集。
1.2.2生物轉筒
生物轉筒是生物轉盤的變型，是從20世紀70年代中期發展起來的，在丹麥、德國發展很快。丹麥研制了單轉筒型，德國則發展了多轉筒型，轉筒內的填料有塑料球、塑料環和波紋盤片等。有些生物轉筒外還設有集氣裝置以增加水中溶氧量。其典型的3種生物轉筒形式為：(1)外殼結構為硬聚乙烯塑料，內裝聚氯乙烯波紋圓盤片，轉筒由16只小轉筒組成；(2)筒體外殼為鋼制，筒內固定在軸上硬聚乙烯波紋的盤面呈多邊形；(3)轉筒的筒體四周裝有小容器，當轉筒向上轉時，小容器內盛滿了水，向下轉動時，水被灑在塑料球上，空容器內充滿空氣進入水中，凈化水的體積為生物轉筒體積的15~25倍。
1.2.3生物流化床
生物流化床(biologicalfluidizedbeds，簡稱BFBS)是高負荷的一種生物膜法，應用于污水的二級處理(有機物氧化、部分硝化)，用于處理有機廢水和脫氮。用好氧的硝化滴濾和缺氧反硝化流化床相結合的反應器，懸浮在表面的富含硝酸鹽和溶解的有機物送到硫化床，處理效果良好。在水產養殖水體循環中利用膨脹床的硝化和反硝化作用同時，處理BOD5、SS和氮，出水氨氮低于05mg/L。該技術廣泛應用于水和廢水的有機物氧化、硝化和反硝化處理，作為水處理方法的一項革新技術，生物流化床工藝將在水處理工程中發揮更大的作用。
1.3水產養殖技術的自然生物處理
用自然生物處理水產養殖水體主要有濕地、穩定塘和土地處理系統等，其優點是處理含氮和磷的水體，能達到比較徹底的處理效果。非集約化水產養殖的自然水域本身是一個典型濕地系統，具有良好的自凈能力，只要合理利用和加強其自凈能力，會有良好的環境效應和經濟效應。魚塘水生生態系統本身有很強的凈污能力，在水產養殖水體的處理中完全可以利用魚塘對污染物的凈化能力來凈化污水。
2、水產養殖廢水的循環利用工藝流程
進行水處理裝置有多種，其結構各不相同，其工藝流程也不一樣，下面有幾種幾種典型的流程：魚池排水→集水池塘→氧化池→沉淀池→增溫增氧池→魚池回用，這種工藝流程中氧化池為生物轉筒；魚池排水→沉淀池→升流式生物濾池→淋水塔式增氧→加熱、消毒→魚池回用，可以去除99%氨氮，新鮮水/回用水為1/9；魚池排水→充氧→升流式石灰巖濾池→沉淀池→增氧→回用，其中新鮮水/循環水為1/5；魚池排水→升流式碎石濾池→降流式碎石濾池→增溫池→回用。根據生態設計的基本原理和水產養殖環境工程技術，研究認為以水產養殖系統零污水環境排放為目標，可以對水產養殖系統進行生態工程和生態工藝設計，開發一個典型的零污水排放工廠化復合水產養殖系統。
3、水產養殖廢水物理處理技術
常規物理處理技術主要包括過濾、中和、吸附、沉淀、曝氣等處理方法，是廢水處理工藝的重要組成部分。對于工廠化養殖廢水的外排和循環利用處理，機械過濾、泡沫分離技術和臭氧凈化處理效果較好。
3.1機械過濾
由于養殖廢水中的剩余殘餌和養殖生物排泄物等大部分以懸浮態大顆粒形式存在，因此采用物理過濾技術去除是最為快捷、經濟的方法。常用的過濾設備有機械過濾器、壓力過濾器、沙濾器等。在實際處理工程中，機械過濾器(微濾機)應用較多、過濾效果較好。
3.2泡沫分離技術
泡沫分離技術已在工業廢水處理中得到廣泛應用，不僅可以將蛋白質等有機物在未被礦化成氨化物和其它有毒物質前就已被去除，避免了有毒物質在水體中積累，而且可向養殖水體提供所必需的溶解氧，對維護養殖水體生態環境有良好作用。
3.3臭氧凈化
臭氧在水中分解的中間物質羥基自由基，具有很強的氧化性，可以分解一般氧化劑難分解的有機物。因此，用臭氧處理廢水，既能夠迅速滅除細菌、病毒和氨等有害物質，又能增加水中溶解氧，從而達到凈化養殖廢水的目的。海水中999%各種細菌可被臭氧消滅。臭氧與生物濾池結合，出水中溶解氧含量高，回用可以提高養殖密度。
4、電化學處理
用電化學法去除水中溶解的亞硝酸鹽和氨氮，亞硝酸鹽完全去除的時間和能耗隨著傳導率的增加而降低，輸入電流最大為2A時，耗能最少，pH相對于輸入電流和電導率來說幾乎沒有影響；在酸性條件下有利于亞硝酸鹽的去除，堿性條件有利于氨的去除，氨的去除速度低于亞硝酸鹽的去除速度。